Tartalom
Miután a agarózgélen futtatta a DNS-mintákat, és elkészítette a képet, mentheti a képet későbbi felhasználásra, ahol elemezheti az eredményeket és értelmezheti azokat. Az, hogy milyen dolgokat keres, a kísérlet természetétől függ. Ha például DNS-fogással foglalkozik, akkor összehasonlítani szeretné két minta - a gyanúsított és a bűncselekmény helyszínének mintájának - DNS-darabjait. Ezzel szemben, ha baktériumokból származó plazmidokkal dolgozik, akkor ellenőriznie kell, hogy a plazmid tartalmazza-e az inszertet. Következésképpen az, hogy miként értelmezi a gélt, részben az elvégzett kísérlettől függ. Ennek ellenére van néhány általános szabály, amelyet alkalmazhat.
A kép tetejétől kezdve mérje meg az egyes sávok távolságát a gél „standard” sávjában (más néven a létra). A standard sáv tartalmaz olyan DNS-darabokat, amelyek mérete már ismert, tehát a kísérlet megkezdése előtt már tudnia kell mindegyik méretét. Mérje meg az egyes mintasávokban a sávok által megtett távolságot.
Osszuk meg a mintákban az egyes standardok és sávok távolságát a gél aljára mért távolsággal. Az eredményt relatív mobilitásnak nevezzük. A táblázatkezelő program segítségével elvégezheti a számtani kiszámítást az Ön számára, ha ez a lépés gyorsabb lesz.
Írja be az egyes szabványok relatív mobilitását és méretét a táblázatkezelő programba, majd a táblázatkezelő programok grafikus eszköze segítségével hozzon létre egy grafikát ezekről az adatokról az x tengelyen és az y méretén.
Illesszen egy sort a grafikonra nemlineáris regresszió segítségével. Nézze meg a táblázatkezelő programok súgóját, ha tudnia kell, hogyan kell ezt megtenni. Végezzen egy egyenletet, amely talán a következőhöz hasonló:
y = (0,3) x ^ -2,5
Vegye figyelembe, hogy x itt a relatív mobilitás, míg y a méret. Azt is vegye figyelembe, hogy az egyenletének teljesen különbözõ számai lehetnek az exponenssel és az együtthatóval - ez az egyenlet csak hipotetikus példaként szolgál.
Vegye ki a mintából a sávok relatív mobilitását, és dugja be x-ként a mintasávokban levő DNS-darabok kiszámításához.
Tegyük fel, hogy a táblázatkezelő programból származó egyenlet valóban y = (0,3) x ^ -2,5 volt, és egy adott mintasáv relatív mobilitása 0,68 volt. Helyettesítve 0,68-t az egyenlettel, a következőt találja:
y = (0,3) (0,68) ^ - 2,5
A számológéppel növelheti 0,68-t a -2,5-re, és megtalálja a következőt:
y = (0,3) (2,62)
y = 0,786
ami ekkor a minta becsült méretének kilobázisban lesz a mintája egyik sávjában.
A plazmidok
Vegye figyelembe, hogy lehet, hogy nem kell alkalmaznia az ebben a szakaszban található utasításokat. Az agarózgél-elektroforézist gyakran használják annak igazolására, hogy a plazmid tartalmaz egy adott inszertet. Ha nem dolgozik plazmidokkal, kihagyhatja ezt a részt. Ha mégis, akkor kövesse ezeket az utasításokat.
Ne felejtse el, hogy ha nem vágott vagy réselt plazmidokkal dolgozik, akkor nem becsülheti meg a méretet a fenti 1. szakaszban ismertetett eljárással. Ez azért van, mert a kivágás nélküli és réselt plazmidok eltérő sebességgel migrálnak a lineáris DNS-től.
Hasonlítsa össze az egyes sávok sávjainak számát. Emlékezzünk arra, hogy egy restrikciós enzim elvágja a DNS-t azokon a helyeken, ahol egy adott szekvencia, amelyet restrikciós helynek hívnak, előfordul. Ha egy mintát KÉT restrikciós enzimmel kezeltek, akkor mind az inzertnek, mind a plazmid fennmaradó részének egy sávnak jelen kell lennie. Ez azért van, mert az inszertet két restrikciós hely határolja, mindegyik eltérő enzimre, tehát ezeknek a helyeknek a vágása megszabadítja az inszertet a plazmidtól. Ezzel szemben a csak egy helyen végzett vágás a plazmidot lineáris DNS-ként konvertálja. A restrikciós enzimek nélküli vágott mintának vagy egy restrikciós enzimnek egy sávot kell tartalmaznia, míg a két restrikciós enzimmel vágott mintának két sávot kell tartalmaznia.
Vigyázzon a nikkel plazmid DNS által létrehozott sávokra. A kicsapott plazmid csak egyszálú vágással rendelkezik, így lassabban vándorol, mint egy vágott plazmid. A vágott plazmidok viszont lassabban vándorolnak, mint a vághatatlan DNS.
Az 1. szakaszban leírt eljárás szerint becsülje meg a betét méretét, és határozza meg, hogy megfelel-e az elvárásainak (amelyek a kísérlettől függően változnak).