Tartalom
- TL; DR (túl hosszú; nem olvastam)
- Mi az elektroforézis?
- Nem kielégítő gélkészítés
- Túl sok minta
- Rossz minőségű minta
Gondolkozott már azon azon, hogy a tudósok miként vizsgálnak olyan apró fragmentumokat, mint a DNS-e? Az egyik módszer a gélelektroforézis. Míg az elektroforézis általában tiszta, könnyen olvasható sávokat hoz létre, amelyek tökéletesek a tudományos értelmezéshez, a maszatos eredmények néha eltakarják az adatokat.
TL; DR (túl hosszú; nem olvastam)
A gélelektroforézis lehetővé teszi a tudósok számára az emésztett minták megjelenítését és a fragmentumok méretének mérését. A rosszul elkészített agarózgélek kenése, a hígítatlan minta bevitele a lyukakba vagy rossz minőségű minták eredményei.
Mi az elektroforézis?
A gélelektroforézis a tudósok számára lehetővé teszi a kis molekulák, például a DNS emésztett mintáinak vizualizálását és ezen fragmentumok méretének becslését. Az elektroforézis elvégzéséhez a tudósok gélt készítenek az agaróz forrásban lévő vízben történő szuszpendálásával. Az így kapott polimerizáció keresztezett cukorpolimereket eredményez, így a gél kémiai szempontból kissé hasonlít egy pókhálóra.
A tudósok vágóeszközt használnak a kút kialakításához a gélben, így nagyon kis mennyiségű emésztett mintát tölthetnek a lyukakba. A gép bekapcsolásakor az áram áramlik a gélen, és a mintákban lévő fragmensek a kútból a gél másik oldalához vezetnek. Mivel a gél hálószerű, a kisebb fragmentumok gyorsan áthaladnak a mátrixon, míg a nagyobb fragmentumok hosszabb ideig tartanak ahhoz, hogy átmássanak a mátrixon. Amikor kész, a gél sötét sávokat tartalmaz, amelyek megmutatják, hogy a különböző fragmensek milyen mértékben mentek el. A tudósok megmérik ezeket a sávokat, és logaritmikus számítás segítségével számítják ki az egyes fragmensek méretét az alapján, hogy mennyire migráltak.
A tudósok tiszta sávokat remélnek, de a zenekarok néha elkenődnek. Ez az elkenés általában a rosszul előkészített gélek, a hígítatlan mintáknak a lyukakba töltése vagy a rossz minőségű minták eredménye.
Nem kielégítő gélkészítés
Ha elkenjük az eredményeket, akkor az egyik valószínû bûnös egy rosszul elõkészített gél. Az kielégítő gél egyenletesen polimerizálódik, egyenletes mátrixot képezve az öntőtálcán levő gélben. Ha a gél egy része - általában az alsó fele - úgy áll, mielőtt a tudós befejezi az egész tálca öntését, akkor a kapott gél egyenetlen lesz, és eredményesen elkenődött.
Túl sok minta
Mielőtt a mintákat a lyukakba töltik, ezeket a mintákat elég hígítani kell ahhoz, hogy a gélen átmenjenek, anélkül, hogy a lyukakat túlfolynák. Ha a betöltött minta túl koncentrált, mert a tudós elfelejtette hígítani, vagy nem megfelelő hígítási tényezőt alkalmazott, akkor a fragmensek túl nagyak lesznek a lyukak számára, és kenet keletkezhetnek.
Rossz minőségű minta
Az elkenés a rossz minõségbõl is következhet be. Például egy fehérjével szennyezett vagy túl sok sót tartalmazó DNS-minta kenést eredményezhet. A lebontott vagy denaturált minták szintén gyenge eredményeket mutatnak, ideértve a maszatos sávokat is.
A gélelektroforézis elképesztő módszer a tudósok számára az emésztett minták megjelenítésére és a fragmentum méretének meghatározására. A gél és a minta gondos elkészítése minimálisra csökkenti az elkenés lehetőségét, és tiszta csíkokat eredményez, amelyek ideálisak a tudományos értelmezéshez.