Tartalom
A gélelektroforézis laboratóriumokban alkalmazott módszer a DNS szálainak mérésére és rendezésére. Ez azért szükséges, mert a DNS normál körülmények között túl kicsi ahhoz, hogy manipulálni lehessen, még a legtöbb mikroszkóp segítségével is. A gél-elektroforézis laboratóriumban viszonylag egyszerű eljárást alkalmaznak, és ugyanaz az alapvető módszer alkalmazható az egyes fehérjék elválasztására is.
A gél mátrix
A gélelektroforézis elindításához először el kell készítenie a gélt. A géleket általában vékony lemezekben készítik, agaróznak nevezett anyag felhasználásával. A porított agarózt egy lombikba helyezzük, amelyet egy puffernek nevezett sós víz oldat követ. Az agaróz és a puffer keverékét addig melegítjük, amíg a két anyag összeolvad, majd öntjük egy formázó formába. Ezután egy fésűnek nevezett eszközt helyezünk a forma egyik végére, mielőtt a gél lehűl. A gél lehűlésekor a fésűt eltávolítják, így maradnak kis rések, amelyeket a DNS-minták tárolására használnak.
A lehűtött agarózkeverék (a gél mátrixnak nevezik) különleges tulajdonsága abból fakad, hogy sós vízzel készítik. Elektrizáláskor a mátrix vezetőképesé válik, lehetővé téve az elektromos áramlását a teljes hosszán. A gél mátrix másik speciális tulajdonsága a szabályos, mikroszkopikus lyukak jelenléte. Ezek a lyukak lehetővé teszik a DNS szálainak áthaladását a gél mátrixon, és megkönnyítik a válogatási folyamatot.
Az elektroforézis kamra
A következő lépés egy elektroforézis kamra létrehozása. Ez egy kis téglalap alakú doboz, pozitív és negatív elektromos csatlakozással mindkét végén huzalozva. A kamra általában sekély, elég kicsi ahhoz, hogy az asztallapra elférjen, és tiszta anyagokból, például plexiüvegből készül.
A sóvíz oldatot az elektroforézis kamra aljára öntik, és a gél mátrixot enyhén bemerítik ebbe az oldatba. A sós víznek két célja van: elősegíti az áram áramlását és megtartja a gél mátrixot nedvesen. Mivel a DNS-t negatív töltés hajtja meg, helyezze el a mátrixot, hogy a minták a negatív elektromos csatlakozás mellett kerüljenek elhelyezésre.
A DNS előkészítése
Ezután DNS mintákat készítünk. Mivel az oldatban levő DNS csak kivitelezhetetlen, a töltőpuffernek nevezett színezőanyagot hozzáadunk minden egyes mintához. Ez a szer megvastagítja a DNS-oldatot, így kevésbé lesz orrfolyásos és működőképes. Pipettázzunk egy DNS-oldat mintát a gél mátrix minden váltakozó résébe. Az egyes minták közötti üres nyílásba tegyen néhány olyan DNS-oldatot, amelynek hosszát már ismeri (DNS-szabványnak nevezik) a kísérlet ellenőrzéséhez és összehasonlításához.
Kapcsolja be a készüléket
Most kapcsolja be az elektroforézis kamráját. Negatív erő alatt a DNS-mintákat a kamra teljes hosszában kikényszerítik. A kis DNS-szálak gyorsabban mozognak a gél mátrixon, és rövid idő alatt elválasztják magukat a hosszabb, lassabb szálaktól. A színezőanyagban lévő festék lehetővé teszi a DNS nyomon követését. Nem fogja látni az egyes DNS-szálakat, de azonos hosszúságú szálak összecsomódnak.
Utolsó lépések
Amikor a DNS-t kiszűrjük, a mátrixot eltávolítjuk az elektroforézis kamrából. A DNS-t ezután megfestik, hogy megkönnyítsék a mérést és a vizsgálatot.