Tartalom
A gélelektroforézis olyan módszer, amely lehetővé teszi a DNS elemzését annak alkotóelemeinek szintjén. Ebben a DNS-vizualizációs módszerben a mintákat agaróz gél táptalajra helyezzük, és a gélen elektromos mezőt alkalmazunk. Ennek következtében a DNS-fragmensek eltérő sebességgel vándorolnak át a gélen, elektrokémiai tulajdonságaiknak megfelelően.
Etídium-bromid
Ennek a megjelenítési módszernek az alkalmazásához az etidium-bromidot agaróz-porral, EDTA-pufferrel és vízzel összekeverik, hogy az elektroforézis előtt kialakítsák a gélmátrixot. Ennek eredményeként az etidium-bromid-molekulák egyenletesen eloszlanak a mátrixban. Miután a gélüregeket megtöltötték a megfelelő DNS-mintákkal és nyomkövető festékekkel, feszültség alá helyezték a nagy, poláris vegyületek lassú húzását a mátrixon.
Ezen mozgás során a DNS-molekulák bázisai az etidium-bromid-töltésnek köszönhetően ideiglenesen kötődnek a részecskékhez, húzva őket. Mire a gélelektroforézis befejeződik, minden DNS-molekula jelentős mennyiségű etidium-bromidot vett fel.
Ultraibolya fény jelenlétében az etidium-bromid fluoreszcenciát mutat. A technikusok speciálisan kalibrált UV-fényt sugároznak a gélen, miközben egy gép rögzíti a ragyogó fragmentumok képét.
Metilénkék
Ha nem áll rendelkezésre UV-átvilágító eszköz vagy ez nem praktikus, a szakemberek normál körülmények között láthatóvá tehetik a DNS-t úgy, hogy a kész agarózgélt, elektroforézissel ellátott DNS-vel átmerítve, metilénkék oldatában egy éjszakán át.
A kloridsó jelentősen hidrofób anionnal, metilénkék molekulákkal áthatol a teljes gélmátrixon. Ugyanakkor a hidrogénkötés a DNS-en keresztül a foltmolekulákat felhalmozódik. Ez a megnövekedett DNS-foltsűrűség mélyebb kék árnyalatot eredményez, amely szabad szemmel látható.
Nyomkövető festékek
A DNS-sávok relatív méretén túl a műszaki szakemberek mérhetik az egyes fragmensek abszolút méretét (bázispárokban) nyomkövető festékeknek nevezett vegyszerek felhasználásával. Metilénkék vagy etidium-bromid hozzáadása nélkül láthatóak. Az olyan nyomkövető festékek, mint például a bróm-fenol-kék és a xilol-cianol, az elektroforézis során az aragóz gél mátrixokon mozognak, ugyanolyan sebességgel, mint a 300 nukleotidból és 4000 nukleotidból álló DNS-fragmensek. Elektroforézis során a masszív DNS-fragmensek lassabban haladnak át a gélmátrixon, mint a kisebb fragmensek. Ezért, míg a követő színezékek nem befolyásolják közvetlenül a DNS-fragmensek láthatóságát, összehasonlítva egy DNS-fragmens helyzetét a gélben és ezeknek a színezékeknek a helyzetével, a technikusok lehetővé teszik a technikusok számára, hogy "megtekintsék" a DNS-fragmentum körülbelül nukleotidjainak számát.