Tartalom
- Etilén-diamin-tetraacetát a DNS tisztításához
- Magneisum-klorid a DNS amplifikációjához
- Etidium-bromid a DNS-festéshez
A DNS elemzése különféle típusú molekuláris kísérleteket és biológiai eljárásokat foglal magában. A DNS törékeny és bonyolult alapanyag, ezért annak kezelése és elemzése a legjobb minőségű és legtisztább vegyi anyagokat igényli. Az elemzéstől függően több száz vegyi anyag, a savas és lúgos oldatoktól a pufferekig és színezékekig, részt vesz a DNS vizsgálatában. A vegyi anyagok felhasználásának megértése kulcsfontosságú a sikeres kísérletek elvégzéséhez, valamint a pontos, megbízható és reprodukálható eredmények eléréséhez.
Etilén-diamin-tetraacetát a DNS tisztításához
Három típusú DNS-t tisztítanak a tudományos munkához: a genomból származó DNS (genomi DNS), a sejtből származó teljes DNS (az összes DNS) vagy a plazmidokból, amelyek önmagukban szaporodhatnak. A teljes sejt-DNS tisztításánál olyan vegyszereket alkalmaznak, amelyek lehetővé teszik a sejtek sok membránjának elpusztítását a sejt lízise során. A kémiai etilén-diamin-tetraacetátot (EDTA) gyakran használják magnézium-ionok eltávolítására, amelyekre szükség van a sejtfalak merevségének megőrzéséhez, és ezek annyira gyengülnek, hogy összeomlanak vagy elszakadnak, felszabadítva a sejtek tartalmát és a DNS-t az elemzéshez. Ezen túlmenően az EDTA megvédi és megőrzi a DNS integritását azáltal, hogy gátolja azokat a enzimeket, amelyek általában a sejtben vannak jelen, és amelyek a DNS-t fragmentálhatják, és használhatatlanná tehetik.
Magneisum-klorid a DNS amplifikációjához
A polimeráz láncreakció (PCR) egy kifinomult elemzési módszer, amelyet egy DNS-molekula több ezer példányának amplifikálására használnak, azonban technikai problémákkal és pontatlanságokkal küzd. Ezért sok tudós rutinszerűen különféle PCR-készleteket hajt végre annak érdekében, hogy megtalálják az optimális körülményeket és paramétereket egy adott génhez. Az ilyen optimalizáláshoz felhasznált vegyi anyag a magnézium, amely stabilizálja a PCR-ben alkalmazott DNS-polimeráz enzimet, és nélkülözhetetlen együttható az enzim aktivitásában. A PCR-ekhez a magnéziumot magnézium-klorid-puffer formájában használják.
Etidium-bromid a DNS-festéshez
Az etidium-bromid olyan festék, amely kötődik a DNS-hez azáltal, hogy becsúszik a DNS kettős hélixet alkotó nukleotidok közé az interkalációnak nevezett eljárás során. Ezt a színezéket ezután ultraibolya lámpával megvilágíthatjuk, hogy láthatóvá váljon a DNS, amelyhez az etidium-bromid kapcsolódik. Az etidium-bromid megfelelő megtekintéséhez azonban legalább 1 nanogramm DNS szükséges, ezért ez a PCR-rel amplifikált DNS kimutatásának egyik módja. Bár olcsó és széles körben használják, ugyanakkor mutagén vegyi anyag, amelyről ismert, hogy rákot okoz, ezért laboratóriumokban történő felhasználása szigorúan szabályozott, és sok tudós költözött kevésbé toxikus alternatívák használatához.