Tartalom
A Lyse egy olyan szó, amely görögből származik, és pusztán azt jelenti, hogy „felosztani” vagy „felrobbantani”. Rendszeresen a kifejezés arra vonatkozik, hogy mi történik a sejtekkel egy lízispufferben, amely egy megoldás, amely megakadályozza őket, hogy tartalmuk kinyerhető legyen. A tudósok lízispuffereket használnak, amikor DNS-t vagy fehérjéket extrahálnak a sejtekből elemzésre, különösen baktériumok esetén. A sejtlízis-puffer típusa a kísérlet típusától függően változik, bár a következőkben néhány általános választási lehetőség van.
TL; DR (túl hosszú; nem olvastam)
A lízispufferek elősegítik a nyitott sejtek megbontását, így azok tartalma hozzáférhető vagy eltávolítható. Néhány példa a sók, detergensek, kelátképző szerek és inhibitorok, valamint néhány lúgos vegyi anyag.
Puffer és só
A pufferek stabilizálják a pH-t, miközben a sejtek felosztódnak. A Tris-HCL az egyik leggyakoribb vegyszer a pufferolásra pH 8-nál. A HEPES egy másik általános puffervegyület ezekben a kísérletekben. A nátrium-klorid só is növelheti az ionerősséget, az oldott anyag teljes koncentrációját a sejteken kívül. Ez az utolsó pont némi jelentőséggel bír, mivel a víz diffundálhat a sejtmembránokon az alacsony oldott koncentrációjú régiókból a magas oldott koncentrációjú régiókba.
Oldószerek
A tisztítószerek feloldják a sejtmembránokat, így a sejtek tartalma kiszabadulhat. A és amfipátiás molekuláris szerkezetük van (azaz olyan molekulák vannak, amelyeknek egyik vége könnyen kölcsönhatásba lép a vízmolekulákkal, míg a másik hidrofób vagy "víztartó" vége nem.) Feloldhatják a zsírokat micellák, kis csoportok kialakításával, ahol a mosószer molekulák hidrofób farkai a zsírmolekulák felé mutatnak. Az általános mosószerek közé tartozik a nátrium-dodecil-szulfát vagy SDS, NP-40 és tritonX.
Kelátképző szerek és inhibitorok
A lízispufferek általában kelátképző szereket is tartalmaznak, például etilén-diamin-tetraecetsavat (EDTA) vagy etilénglikol-tetraecetsavat (EGTA). Ezek a vegyszerek két pozitív töltéssel (például magnéziummal és kalciummal) kötődnek a fémionokhoz, ezáltal más reakciókhoz nem hozzáférhetők. Számos DNS-re (fehérjék, amelyek rágják a DNS-t) és proteázokhoz (proteinek, amelyek felhasítják más fehérjéket) működésükhöz magnézium-ionokra van szükség, tehát, ha megfosztják tőlük ezt a kulcsfontosságú összetevőt, az EDTA és az EGTA segítenek csökkenteni a proteáz vagy a DNS-aktivitás szintjét. Nem zárják ki teljesen, és néhány proteáz nem függ a magnézium-kofaktoroktól, így a lízispufferek néha tartalmaznak proteáz-inhibitoroknak nevezett vegyületeket is, amelyek kötődnek a proteázokhoz és megakadályozzák azok megfelelő működését.
Lúgos lízis
Az alkalikus lízis, a plazmidok baktériumoktól való tisztításának nagyon általános módszere, három oldatot tartalmaz. Az első glükózt, tris-HCL puffert, EDTA-t és RNS-eket tartalmaz. A glükóz magas oldódási koncentrációt hoz létre a baktériumokon kívül, így kissé pelyhesedik, ami megkönnyíti a lizálást. Az EDTA és a trisz-HCL a már leírtak szerint működik, míg az RNS-ek rágják fel a sejtben lévő RNS-t, hogy az útból kitérjenek. A második megoldás valóban lizálja a sejteket. Ez SDS mosószert és NaOH-t tartalmaz, amelyek pH-ját 12-re vagy magasabbra növelik, denaturálják a fehérjéket a sejtben, és a DNS-t egyszálúvá válik. A harmadik oldat kálium-acetátot tartalmaz, hogy a pH-t semlegesebb szintre állítsa vissza, így a plazmid DNS-szálak visszatérhetnek egymáshoz. Időközben a denaturált fehérjék összecsukódnak és kicsapódnak, míg a dodecil-szulfát-ionok a káliumionokkal együtt oldhatatlan vegyületet képeznek, amely szintén kicsapódik az oldatból.